致病性自生生活阿米巴性角膜炎患者多为年轻的健康人，男女比例均等，多数有角膜接触镜配戴史或眼外伤史，绝大多数为单眼受累，个别患者也可双眼发病，起病一般比较缓慢。炎症早期主要表现为角膜上皮的不规则，上皮粗糙或反复上皮糜烂，有时可表现为假树枝状改变。患者常有明显的眼痛，其程度往往超出体征，形成“症状与体征分离”的现象。随着病情发展，炎症逐渐侵及基质层，形成角膜前基质层的斑状、半环状或环状浸润。有些病变类似于盘状角膜炎的改变，部分患者可有放射状角膜神经炎。如未得到及时诊断与治疗，角膜浸润很快发展成角膜溃疡、基质脓肿，并有卫星灶形成和前房积脓。严重者发生角膜坏死穿孔。如果角膜溃疡累及到角膜缘，常导致角膜缘炎，甚至巩膜炎。棘阿米巴原虫可以与细菌、真菌及病毒混合感染。混合感染的细菌主要有表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、链球菌属及短棒菌苗属。